Jenis tanah di Kabupaten Alor temasuk Vulkanik muda sehingga kaya unsur hara dengan struktur tanah yang gembur dan subur. Solum tanah sedang sampai dalam, sehingga tanah lebih stabil dengan kemampuan menahan air tinggi dan dapat diusahakan berbagai jenis tanaman.

Kondisi geografi Kabupaten Alor berkonfigurasi bergunung-gunung dan memberikan variasi iklim yang berbeda dan sangat menguntungkan bagi daerah dan rakyat dalam pengembangan tanaman produksi.

Keadaan topografi wilayah ini adalah:

Kemiringan diatas 40 derajat: 64,25%
Kemiringan 15–40 derajat: 25,61%
Kemiringan 3–15 derajat: 8,69%
Kemiringan 0–3 derajat: 3,45%

Sebagian besar terdiri dari tanah pegunungan yang tinggi yang dibatasi oleh lembah dan jurang yang cukup dalam yang merupakan hambatan umum sarana komunikasi/arus lalu lintas kendaraan baik darat maupun laut. Daerah Kabupaten Alor mempunyai ketinggian antara 6 – 1700 meter dari permukaan laut.
Keadaan geomorfologi daerah Kabupaten Alor sebagian besar yaitu 64,25 % dari luas wilayah merupakan gunung dan berbukit-bukit, dengan kemiringan diatas 40 % seluas 183.993,83 Ha, kemiringan 15 – 40 % seluas 67.691,44 Ha. Jenis tanah di Kabupaten Alor secara umum terdiri dari jenis tanah litosol, dan batu vulkanis lainnya.

Kabupaten Alor termasuk dalam daerah dengan keadaan iklim semiarid sehingga terjadi pergantian musim yang periodenya tidak seimbang, yaitu musim hujan yang singkat selama 3–5 bulan dan musim kemarau yang panjang 7-8 bulan. Jumlah curah hujan tertinggi terjadi pada bulan maret setiap tahunnya, yaitu sebesar 153 mm. Selama musim hujan distribusi hujan tidak merata disetiap wilayah kecamatan. Kenaikan curah hujan yang terjadi pada bulan Maret yang cukup deras dan lama biasanya dapat menimbulkan banjir pada areal yang berupa cekungan.

Kondisi tanah yang berkoefisien alir tinggi atau kurang resapan akibat berkurangnya flora karena penebangan atau terbakarnya hutan yang dapat mengakibatkan terkikisnya lapisan humus yang pada gilirannya dapat mengurangi kesuburan tanah.

Berdasarkan sumbernya maka potensi sumber daya air dibedakan atas tiga jenis yaitu air hujan, air permukaan, dan air tanah. Akibat rendahnya jumlah curah hujan dengan hari hujan dan intensitas yang bervariasi menyebabkan bentang alam Kabupaten alor menjadi relatif kering dan sangat mempengaruhi keadaan air tanah dan mempengaruhi debit air permukaan (sungai dan danau), yang menyebabkan daerah ini sangat terbatas untuk pertanian.

Sungai-sungai yang berada di Kabupaten Alor mengalir ke arah utara dan selatan dan bermuara di Laut Flores, Selat Ombai dan Teluk Kalabahi. Jumlah sungai yang ada adalah sebanyak 22 sungai juga terdapat 5 buah danau. Pada umumnya sungai-sungai yang ada mempunyai panjang sungai yang pendek dan sempit. Wilayah Alor mempunyai dua Daerah Aliran Sungai (DAS) yaitu :

DAS Adwer di Kecamatan Alor Barat Daya
DAS Lembur yang daerahnya menyebar ke empat kecamatan yaitu Kecamatan Alor Barat Daya, Alor Selatan, Perwakilan Alor Barat Laut dan Perwakilan Alor Timur.

Potensi air tanah yang meliputi air tanah dangkal, air tanah dalam (aquifer) dan mata air. Potensi air tanah di Kabupaten Alor termasuk yang sangat rendah (very low). Jumlah mata air yang dipakai untuk sumber mata air sebanyak 2 mata air yang terdapat di Kecamatan Alor Barat Laut, sumber mata air tersebut berfungsi melayani kebutuhan air bersih penduduk dan dikelola oleh PAM Kabupaten Alor. Perkiraan ketersediaan air tanah di Kabupaten Alor adalah sebesar 56.318.036 m3/tahun.